सांगठानिक संरचनाको श्रृङखलामा नेपाल सरकार गृह मन्त्रालय अर्न्तर्गत कारागार व्यवस्थापन विभाग पर्दछ । काठमाण्डौं कालिकास्थानमा अवस्थित यस भागको स्थापना वि।सं। २०५० सालमा भएको हो । नेपालको पहिलो कारागारका रुपमा रहेको हालको केन्द्रीय कारागारको स्थापना वि।सं। २०७१ मा भएपछि काठमाण्डौं उपत्यका वाहिरका प्रशासकीय इकाईहरु रहेका स्थानमा क्रमशः कारागारहरुको स्थापना भएको पाईन्छ । यसरी स्थापना भएका कारागारहरु प्रजातन्त्रको स्थापना पुर्व मूख्तियारको मातहतमा रहने व्यवस्था थियो । २००७ सालमा भएको

ऐतिहासिक क्रान्ति पछि कारागार प्रशासन गृह मन्त्रालयको मातहतमा रहने व्यवस्था भयो । त्यसपछि  काठमाण्डौं उपत्यका भित्रका कारागारहरु उपत्यकाञ्चल कमिश्नर र मोफसलका कारागारहरु वडाहाकिमको निर्देशन र नियन्त्रणमा सञ्चालन हून थाले । नेपाल अधिराज्यलाई वि। सं। २०१८ सालमा १४ अञ्चल र ७५ जिल्लामा विभाजन गरिएपछि जिल्लाको प्रमूख प्रशासकीय अधिकारीकारुपमा प्रमूख जिल्ला अधिकारीको नियूक्ति भई जिल्ला स्थित प्रशासनिक काम कारवाहीहरु स्थानीय प्रशासनको नियन्त्रण र निर्देशनमा सञ्चालन हून थाल्यो । त्तपश्चात  जिल्लामा कारागार प्रशासनसंग सम्वन्धित काम जिल्ला प्रशासन कार्यालयको मातहतमा संचालन भइरहेकोछ । त्यसरीनै केन्द्रमा गृह मन्त्रालयवाछि कारागारहरुको काममा समन्वय हूने गरेकोमा कारागार व्यवस्थापन विभागको स्थापना भएपछि मूलूकका ७२ जिल्लामा रहेका ७४ वटा कारागारहरुको समग्र व्यवस्था गर्ने कार्य कारागार व्यवस्थापन विभागवाट भइरहेको छ । हाल काठमाडौंमा र दाङमा २ २ वटा कारागारहरु सञ्चालनमा छन् । भक्तपुर, बारा र धनुषा जिल्लामा कारागारहरु  छैनन् ।